Apariția Camerei de Comerț și Industrie ține de perioada epocii moderne. Astfel, în 1599, la Marsilia, Franța este fondată o asociație pentru a fi reprezentate interesele negustorilor și oamenilor de afacere, în fața autorităților și partenerilor.
Necesitatea creării unei structuri de supraveghere și dirijare a comerțului național se resimțea și în Basarabia.
Prin decretul regelui Ferdinand, din 24 octombrie 1918 s-a fondat prima Cameră de Comerț și Industrie din Basarabia, cu reședința la Chișinău, care era formată din județele: Chișinău, Bălți, Orhei, Soroca, Bender, Ackerman, Ismail și Cahul. Era compusă din 35 de membri negustori și industriași.
Prima Cameră din Chișinău se ocupa de pregătirea informațiilor solicitanților, despre prețurile de pe piețile din Chișinău și alte orașe; autoriza scoaterea din circuitul comercial a unor mărfuri care din anumite motive nu aveau priză la cumpărător, realiza reclamă pentru promovarea mărfurilor, se organizau expoziții etc.
Ulterior, pe teritoriul Basarabiei sau format mai multe Camere de Comerț. În 1935 ele s-au unit într-o Federație a Camerelor de Comerț și Industrie din Basarabia, care făcea parte din Uniunea Camerelor de Comerț din România (înființată în 1925).
După instaurarea puterii sovietice, activitatea CCI este sistată. Însă la hotarul anilor 60-70 ai sec. XX activitatea Camerei a fost parțial restabilită, datorită intensificării legăturilor economice externe ale RM.
În anul 1968, CCI a fostei URSS a creat la Ungheni prima sa reprezentanță pe teritoriul RSSM.
La 4 noiembrie 1969, în urma unui demers înaintat de conducerea republicii, Camera de Comerț și Industrie a hotărât deschiderea unei secții a ei, la Chișinău.
După o activitate de aproape doi ani, secția demonstrează că poate rezolva sarcinile care stau în fața unei instituții de acest fel. Astfel, apare necesitatea de a ridica statutul juridic al acestei organizații republicane. La adunarea republicană a secției din 30 noiembrie 1972, a fost adoptată hotărârea de a forma CCI din R.S.S.M.
Din 1991, Camera de Comerț și Industrie a RM capătă conturul unui organ nonguvernamental, al proaspătului stat independent. La 20 ianuarie 1994, Președintele RM, a semnat decretul ”Despre Camera de Comerț și Industrie a RM”. Documentul a pus începutul creării bazei legislative a activității Camerei.
La 13 mai 1999, Parlamentul RM a adoptat ”Legea CCI a RM”, la 5 iulie același an, este promulgată!
Art. 27 al Legii respective prevede un termen de 3 ani de pregătire și convocare al Congresului de Constituire a CCI.
La începutul anilor 2000, s-au constituit Filialele CCI.
La 6 septembrie 2002, a avut loc Congresul 1(de constituire) a CCI a RM, în cadrul căruia a fost examinat și aprobat statutul CCI, au fost alese organele de conducere ale instituției, au fost adoptate direcțiile principale și programul de activitate pentru perioada 2002- 2007.
Ulterior au urmat alte 4 congrese ordinare, organizate o dată la 5 ani. Cel din urmă, organizat la 10 august 2017, a trasat principalele direcții prioritare pentru perioada 2017-2022.